Poco se ha escrito del final de este cenobio hasta que se publicó el libro “Tamajón en la Edad Moderna” del historiador D. Aurelio García López. Si bien en el trienio liberal (1.821-23) se procedió a su exclaustración, los frailes no abandonaron el convento y continuo funcionando. Mendizábal firmó la exclaustración de los monjes el 25 julio de 1.835 y lo abandonaron el 1 septiembre (ya solo quedaban 3 frailes). Se realizó un inventario que incluía:

• Muebles y animales: 1 asno, 4 ovejas, 1 carnero y 1 choto.
• En la biblioteca (abandonada): libros de contabilidad, legajos con el testamento de Maria de Mendoza y carta de fundación de la nueva iglesia.
• Iglesia: 5 altares y muchas imágenes de santos (se detallan), 54 pinturas, ornamentos sagrados (se especifican), elementos de culto de cierto valor (3 cálices, copón, caja, palmito, 2 cucharillas,… de plata; otros de bronce y algunos de cristal) y algunas reliquias (entre ellas el Lignun Crucis).

El convento salio a subasta por dos veces en junio de 1.844 en 55.00 reales, quedando desierta. En 1.863 salió a la venta en 10.000 reales, siendo comprada por Francisco Gamo y Gamo el 1 agosto, pero fue anulada el 21 noviembre ya que había sido el tasador. La venta definitiva se hizo el día de Nochebuena al marques de Selva Alegre, descendiente de los Montúfar con casa en Tamajón. El edificio fue desmantelado con el paso del tiempo y los materiales utilizados en la remodelación de la Plaza Mayor, Ermita de los Enebrales, Plaza Mayor y otras construcciones del pueblo. Pasó por varias manos y a partir de 1.920 figura como solar.

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