Dentro de la iglesia se afrontaron obras que convirtieron espacios de culto en zona residencial. Para ello en la nave meridional se construyó un segundo piso con vigas de madera (aún se ven las marcas de apoyo), al que se accedía desde la escalera de caracol a través de una puerta. La ventana ojival se tapió con ladrillo, conservando arco y roseta.

También se construyó una nave a continuación de la sacristía, que se comunicaba con ella por una puerta con arco de medio punto (hoy tapiada) y se abrió al norte la puerta de difuntos, por la que salían los monjes en su último viaje.

Se desmontaron las antiguas dependencias del final de la iglesia y fueron sustituidas por un añadido hecho con sillarejo. Los sillares desmontados se reutilizaron en los contrafuertes (uno en cada extremo), separando pisos ycomo refuerzo del muro exterior, así  como en las esquinas (contrapeados). Otros fueron para la construcción del molino y la remodelación del puente sobre el Jarama .

Las nuevas dependencias se comunicaban con la nave sur y con el ¿claustro de la iglesia? Con el exterior lo hacían con puertas abiertas al camino y al oeste, posiblemente al jardín/huerta por donde paseaban los monjes (aún se ven restos de la tapia).

Lar-ami