Según proyecto, las naves eran tres y rectangulares; hoy solo existe una y trapezoidal. Podría ser que esta forma peculiar se deba a que fue preciso desplazar el pilar octogonal ya que coincidía con una vía de agua.  Esto y una menor cimentación podrán justificar que la cubierta de la nave sea de toba (menor peso).

D. José Torija sugiere que las otras dos naves se derrumbaron y no se reconstruyeron, si bien otros expertos opinan que nunca se edificaron. En un momento determinado, quizás por razones económicas, constructivas y/o de operatividad (solo  12 monjes ), decidieran no concluir el proyecto.

Se cierra la iglesia por el oeste (esta parte será modificada en el siglo XVII), se añaden dependencias para los monjes  y para el culto se dejan solo las tres capillas. Se eleva la escalera de caracol y sobre la cubierta de la capilla se construye un dormitorio para los monjes. ¿Y el claustro?

Por la misma época debió construirse al norte de la iglesia una dependencia aneja (la logia, una especie de almacén),  con sillares de canteros y arcos de medio punto. En una etapa posterior (sin precisar), se le adosa otra estancia, se cierra el conjunto con muros que la unen la iglesia y se abre una puerta en la capilla norte. El Monasterio de Bonaval empieza a tomar la forma que conocemos.

Lar-ami