El Cisma  provocó que el Papa se reservara el derecho de elección de obispos y abades (en el Cister lo elegían los monjes del cenobio). En principio, para reforzar su autoridad y conseguir dinero fácil,  luego para atraerse partidarios a cambio del nombramiento.

El monasterio se convirtió en unidad económica (encomienda) más que espiritual, perdiendo independencia y recursos. Aunque no todas las vacantes se cubrían así, su uso se generalizo en el siglo XIV, a pesar de la oposición del Capitulo General. Con el tiempo se designaron abades ajenos a la Orden, incluso seglares.  Sixto IV en su bula de 1.475 precisa derechos y deberes de los abades comendatarios.

El abad, agradecido, compensaba su benefactor con rentas del monasterio y se reservaba otra cantidad para su servicio; el resto para gastos regulares y mantenimiento de edificios. Más preocupados de las rentas que de su gobierno, muchos  residían fuera del cenobio. La relación con la casa matriz se deterioró, desapareciendo la uniformidad de reglas que tanto prestigio dio a la Orden.

Los monjes, faltos de dirección, relajaron costumbres y perdieron el espíritu monástico del Cister; muchos abandonaron. Las vocaciones escasearon, por el mal ejemplo y la mejora del nivel de vida en el exterior. Lo que antes era riqueza y eficacia se tradujo en desidia y miseria. Todo esto aceleró la decadencia del Monasterio de Bonaval.

Lar-ami