Los estudiosos de la Orden del Cister coinciden en que el Claustro constituía el centro del monasterio y por ello no debía faltar en ninguno. Según en el proyecto inicial, el claustro de Bonaval estaría al norte de la iglesia, accesible desde la sacristía.  

Pero no se construyó, probablemente por el desnivel del terreno (más de 1 metro). En el lado sur no podría estar, como confirman la portada principal y el saliente de la escalera. A los pies del templo carecería de lógica, ya que ahí se realizaron las reformas del siglo XVII. El Dr Jurado apunta la hipótesis de que el claustro pudo estar dentro de la iglesia:

• Los restos de dos paredes paralelos al alzado norte y a los pies del templo, separados unos 3 metros de los muros del siglo XVII. Ambas se unen en esquina por una pilastra, aun visible detrás del árbol
• En los restos de los muros a los pies de la iglesia se observan varios mechinales, por lo que allí pudo haber una galería con cubierta de madera.
• Esta pequeña galería actuaría de claustro, suficiente para los (12) monjes y no muy amplias, acorde con el inventario de 1.510.
• Quizás por ello, en la reforma del siglo XVII se debió construir sobre las antiguas dependencias, utilizando sillares, arcos y dovelas, visibles entre los muros de tapial.

Lar-ami