El siglo XIX no empezó bien para Bonaval; sus problemas con renteros y vecinos se agudizaron. En el año 1.800  Carlos IV ordenó que se enajenasen los bienes de las obras pías. El intendente de Madrid exigió a los alcaldes de Valdepeñas que valorasen los bienes de Bonaval  para aplicar la ley. Se pidió al prior que justificase la propiedad, y este les dirigió a Montesión.

Los alcaldes denunciaron que el monasterio no podía demostrarlo, pidiendo que los bienes fueran enajenados y puestos a la venta. El abad de Montesión presentó documentos históricos y gano el pleito, pero muchos renteros de Valdepeñas dejaron de pagar el alquiler.  Por ello, en 1.806 el abad se dirigió a ellos pidiéndoles la rescisión del contrato.

En 1808, el rey francés José I ordena que sean reducidos a 1/3 los monasterios del país, a fin de recaudar fondos. En 1.809 suspende las órdenes religiosas, incluido el Cister. El Monasterio de Bonaval fue suprimido y los monjes exclaustrados, quedando el edificio abandonado. La granja de Valdepeñas fue vendida por el Estado a Francois Rivault. Cuando en 1.814 vuelve Fernando VII, la comunidad recupera la casa bodega (en ruinas) y el resto de propiedades. El Cister reclamó en 1.818 a la”Junta de Reintegracion de bienes confiscados por el Gobierno intruso” el coste de los deterioros. La sentencia fue favorable y lo condenó (en ausencia) a pagar 500 ducados mas costas.

Si bien el Cister recupera Bonaval, y en 1.815 vuelve como prior Carlos Martínez (ya lo había sido en 1.807), el deterioro del Monasterio  y sus propiedades, tras seis años en manos extrañas, impide que vuelva a su status anterior. Recordemos que el cura de Tamajón y el Empecinado anduvieron por La Ribera.

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