El prior sustituye al abad del monasterio y asume la mayoría de sus funciones por delegación. En cenobios menores, como Bonaval, se ocupaba de la dirección y la administración del centro, si bien las decisiones importantes las tomaba la abadía de Monte Sión.

Aunque era elegido por el Capítulo en asamblea y propuesto al abad para su nombramiento, este tenía la potestad de rechazarlo, si bien no era habitual.  La Congregación de Castilla, en su reforma del siglo XV, limitó la duración del mandato a 3 años, con posibilidad de reelección. A finales de siglo, para acotar aun más su poder, la reelección no podía ser consecutiva.

En los primeros años de Bonaval como Priorato, el número de monjes se redujo (en algunos épocas tan solo hubo 3, más el monje residente en Valdepeñas) y los priores dedicaron sus esfuerzos a la gestión de las propiedades, según indica el Dr Jurado. Entre ellos destacan:

• Jerónimo de Zebreros: el único prior elegido tres veces, en 1.560, 64 y 71.  Pudo ser el gran artífice de la reconversión de  Bonaval en  unidad de negocio.
• Pedro de Villanueva: elegido en 1.611 y en 1.613 (2 años). Posiblemente participó en la remodelación del monasterio para convertirlo en Residencia de Monjes.

Lar-ami