Aunque la conversión en priorato se produce en 1.509, la anexión definitiva a la abadía de Monte-sión se realiza en 1.551 y los motivos no están claros.

Fray Benito de la Peña afirma en 1.566 que fue “en defensa de la religión”; otros dijeron que fue por motivos económicos, ejerciendo la abadía su poder. Lo cierto es que a partir de ese momento los monjes pusieron su mayor empeño en optimizar el rendimiento de las propiedades del Monasterio, según explica el Dr Jurado.

En la segunda mitad del siglo XVI, Bonaval se convirtió en residencia de monjes mayores. Así lo indica Fray Pedro de Salazar en 1.612, y añade que el Capítulo de 1.598 autorizó a estudiantes y lectores del Colegio Mayor de Alcalá (perteneciente al Cister), que viniesen a pasar las vacaciones al monasterio. Para ello fue preciso transformar las dependencias y levantar otras, obras que se emprendieron a finales del siglo  XVI y se terminaron en 1.634 (lo contaremos).

De los monjes que vinieron a terminar sus días aquí, solo conocemos dos, fallecidos en 1.608 y citados en la Menologium Cisterciense: Bernardo de Escobar, que destacó por su dominio del griego y el hebreo (La orden le dedica el 13 de febrero)  y José Matienzo Zorrilla, de familia noble leonesa (24 de marzo).

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